不動産売却で使える3,000万円特別控除とは｜要件・必要書類・注意点を完全ガイド【2026年版】

マイホームを売却すると、利益（譲渡所得）に対して税金がかかります。しかし「3,000万円特別控除」を使えば、その利益から最大3,000万円を差し引けるため、多くの方は税負担をゼロに近づけられます。

この特例はマイホーム売却で最も使われる節税策ですが、適用には細かい要件があり、知らずに使い損なうケースも少なくありません。住宅ローン控除との併用不可など、見落としやすい落とし穴も存在します。

本記事では、3,000万円特別控除の要件・適用条件・他制度との併用可否・必要書類・注意点を、国税庁の情報にもとづいて整理します。相続した実家や訳あり物件の扱いにも触れていきます。

最後に、買取という選択肢で売却をスムーズに進める方法も紹介します。まずは制度の全体像から確認していきましょう。

3,000万円特別控除とは｜マイホーム売却の譲渡所得から最大3,000万円を控除

3,000万円特別控除とは、マイホーム（居住用財産）を売ったときに、譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける特例です。正式には「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」といいます。

不動産を売って利益が出ると、その譲渡所得に所得税・住民税が課されます。譲渡所得は「売却価格 −（取得費 + 譲渡費用）」で計算する仕組みです。ここから3,000万円を控除できるため、利益が3,000万円以内なら課税対象がゼロになります。

たとえば取得費・譲渡費用を差し引いた利益が2,500万円だった場合、3,000万円控除を適用すると課税される譲渡所得は0円です。利益が4,000万円なら、控除後の1,000万円分だけが課税対象になります。

所有期間の長短を問わず使えるのが大きな特徴で、住んでいた家であれば短期所有でも対象になります。マイホーム売却において、まず検討すべき基本の特例といえるでしょう。

出典：国税庁｜マイホームを売ったときの特例（3,000万円控除）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm
国税庁｜土地や建物を売ったとき（譲渡所得）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1440.htm

3,000万円特別控除の適用要件｜「住んでいた家」であることが大前提

この特例の核心は、売却するのが「自分が住んでいた（住まなくなった）マイホーム」であることです。主な要件を整理します。

• ●自分が住んでいる家屋を売るか、家屋とともにその敷地を売ること
• ●以前住んでいた家屋の場合、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること
• ●売った年の前年・前々年に、この特例や類似の特例を受けていないこと
• ●売手と買手が親子や夫婦など特別な関係でないこと

たとえば転勤で実家を離れ、空き家のまま放置していた場合、住まなくなってから3年を超える年末を過ぎると適用できなくなります。期限の管理は非常に重要です。

また、別荘や一時的な仮住まい、特例を受けるためだけに入居した家屋は対象外です。あくまで生活の本拠として使っていた住まいが前提となります。

家屋を取り壊して土地だけを売る場合にも、追加の期限要件があります。要件の判断に迷うときは、早めに専門家へ確認しておくと安心でしょう。

出典：国税庁｜マイホームを売ったときの特例（3,000万円控除）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm

譲渡所得の計算方法｜控除を使う前に「利益」を正しく把握する

3,000万円控除は「譲渡所得」から差し引く制度なので、まずは譲渡所得そのものを正しく計算する必要があります。計算の基本は次のとおりです。

項目	内容
譲渡価額	土地・建物を売った金額
取得費	購入代金・建築代金・仲介手数料など（建物は減価償却後）
譲渡費用	売却時の仲介手数料・印紙税・取壊し費用など
譲渡所得	譲渡価額 −（取得費 + 譲渡費用）

たとえば3,500万円で売却し、取得費2,000万円・譲渡費用200万円だった場合、譲渡所得は1,300万円です。ここに3,000万円控除を適用すると、課税対象は0円になります。

取得費がわからない場合は、譲渡価額の5%を概算取得費として使えます。ただし実際の取得費より低くなりがちで、譲渡所得が大きく計算されることもあるため注意が必要です。

建物部分は使用に応じて価値が下がるため、減価償却を反映した金額で取得費を計算します。土地と建物で扱いが異なる点も押さえておきましょう。

出典：国税庁｜土地や建物を売ったとき（譲渡所得）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1440.htm

他の特例との併用可否｜住宅ローン控除とは併用できない点に注意

3,000万円控除は単独で使えるだけでなく、一定の特例と組み合わせられる場合があります。一方で併用できない制度もあるため、整理しておきましょう。

組み合わせる制度	併用の可否	ポイント
軽減税率の特例（長期所有）	併用できる	所有期間10年超のマイホームで税率が下がる
住宅ローン控除（買換え先）	併用できない	新居の住宅ローン控除と同時には使えない
取得費加算の特例（相続）	原則どちらか	相続物件で有利な方を選ぶ

特に見落としやすいのが、買い換えで新居を購入する場合です。売った家で3,000万円控除を使うと、新居の住宅ローン控除を一定期間使えなくなります。どちらが得かは金額次第なので試算が欠かせません。

たとえば売却益が大きく税負担が重いなら3,000万円控除を優先し、売却益が小さいなら新居のローン控除を優先する、といった判断になります。

所有期間10年超のマイホームなら、3,000万円控除と軽減税率の特例を重ねて使えるため、税負担をさらに抑えられます。自分のケースで使える組み合わせを確認しておきましょう。

出典：国税庁｜マイホームを売ったときの特例（3,000万円控除）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm

相続した家を売る場合｜取得費加算の特例との関係を理解する

相続した実家を売るケースでも、要件を満たせば3,000万円控除や関連特例を活用できます。ただし、自分が住んでいない相続物件は扱いが複雑です。

相続した不動産を売る際は「取得費加算の特例」も選択肢になります。これは相続税の一部を取得費に加算して譲渡所得を圧縮する制度で、3,000万円控除とは原則どちらか有利な方を選ぶ形になります。

たとえば相続税を多く納めた物件なら取得費加算が効きやすく、相続税が少なければ別の特例が有利になることもあります。物件ごとに試算して判断するのが現実的です。

なお、2024年4月1日からは相続登記が義務化されています。相続を知った日から3年以内に申請が必要で、正当な理由なく怠ると10万円以下の過料の対象です。売却の前提として登記の状態も確認しておきましょう。

権利関係が複雑な相続物件は、売却自体が難航することもあります。そうした物件こそ、まとめて引き受けてくれる相手を探すと話が進みやすくなります。

出典：国税庁｜土地や建物を売ったとき（譲渡所得）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1440.htm

3,000万円特別控除に必要な書類｜確定申告は必須

3,000万円控除を受けるには、売却した翌年に確定申告を行う必要があります。控除を使って税額がゼロになる場合でも、申告しなければ特例は適用されません。

主に必要となる書類は次のとおりです。

• ●譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）
• ●売買契約書の写し（購入時・売却時の両方）
• ●取得費や譲渡費用がわかる領収書の写し
• ●売却した家屋やその敷地の登記事項証明書など

たとえば購入時の売買契約書を紛失していると取得費の証明が難しくなり、概算取得費での計算を余儀なくされることがあります。古い書類ほど早めに探しておくと安心です。

住まなくなった家を売る場合は、その事実を確認できる書類が追加で求められることもあります。ケースによって必要書類が変わるため、事前に税務署や専門家へ確認しておきましょう。

申告期限は売却した翌年の2月16日から3月15日が原則です。期限を過ぎると手続きが煩雑になるため、売却が決まったら書類の準備を進めておくことをおすすめします。

出典：国税庁｜マイホームを売ったときの特例（3,000万円控除）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm

適用時の注意点｜期限・住宅ローン控除・相場確認の3つを押さえる

3,000万円控除はメリットの大きい制度ですが、使い方を誤ると本来受けられたはずの恩恵を逃します。特に注意したい点を整理します。

1つ目は期限です。住まなくなった家は「住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日まで」に売る必要があります。空き家のまま放置していると、知らぬ間に期限切れになることがあります。

2つ目は住宅ローン控除との関係です。買い換えで新居を購入する場合、3,000万円控除と新居のローン控除は同時に使えません。どちらが得かを必ず試算しましょう。

3つ目は相場の確認です。控除で税金が抑えられても、売却価格が相場より低ければ手取りは目減りします。エリアの成約相場は不動産情報ライブラリ等で確認しておくと安心です。

不動産価格指数を見ると、全国的に住宅価格は底堅く推移しており、マンション（区分所有）は222.2（2010年平均＝100）です。令和7年地価公示でも、全用途平均・住宅地・商業地のいずれも4年連続で上昇しています。市況を踏まえて売却時期を考えるとよいでしょう。

出典：国土交通省｜不動産価格指数
https://www.mlit.go.jp/report/press/tochi_fudousan_kensetsugyo05_hh_000001_00242.html
国土交通省｜令和7年地価公示
https://www.mlit.go.jp/report/press/tochi_fudousan_kensetsugyo04_hh_000001_00060.html

マーキュリーが選ばれる4つの理由｜あらゆる不動産を価値ある未来へ

控除を活かして売却を進めるには、まず売却そのものを確実に成立させることが大切です。マーキュリーは直接買取により、複雑な事情を抱えた不動産でも価値ある形で引き受けます。

①権利調整

共有持分や借地権、隣地との境界が未確定など、権利関係が入り組んだ物件もマーキュリーが調整します。たとえば兄弟で共有している実家でも、権利を整理したうえで買い取りを進められます。

②再建築不可・訳あり再生

接道義務を満たさない再建築不可物件や、事故・トラブルのあった訳あり物件も対象です。一般市場では売りにくい物件でも、再生のノウハウを活かして価値を見出します。

③相続ワンストップ

相続登記が済んでいない、相続人が複数いるといった相続物件も、手続きを含めてワンストップで対応します。登記から売却まで窓口が一つにまとまるため、負担を大きく減らせます。

④直接買取で仲介手数料ゼロ・査定額がそのまま手取り

マーキュリーは直接買取なので仲介手数料がかかりません。訪問査定で提示した額がそのまま買取価格＝手取り額になるため、手元に残る金額が明確です。

買取という選択肢｜控除を活かしながらスピーディに売却する

3,000万円控除には期限があるため、売却が長引くと適用を逃すリスクがあります。買取なら、相手探しに時間をかけず短期間で売却を完了できるのが強みです。

たとえば「住まなくなって3年目の年末が近い」というケースでも、買取であれば期限内に確実に売却を済ませやすくなります。仲介で買い手を待つ場合と比べ、スケジュールが読みやすい点も安心です。

直接買取では訪問査定の提示額がそのまま買取価格＝手取り額となるため、いくら手元に残るかが最初から明確です。控除後の手取りを見据えた資金計画も立てやすくなります。

その物件タイプに強い会社を選び、査定額の根拠をしっかり確認することが、納得のいく売却につながります。相場が底堅い今、売却のタイミングを検討してみてはいかがでしょうか。

まとめ｜マーキュリーへご相談ください

3,000万円特別控除は、マイホーム売却の譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける心強い制度です。所有期間を問わず使えますが、住まなくなった家には期限があり、住宅ローン控除とは併用できない点に注意が必要です。

控除を確実に活かすには、要件と必要書類を早めに確認し、期限内に売却を成立させることが欠かせません。相続物件や訳あり物件では、権利調整や登記の整理が前提になることもあります。

マーキュリーは直接買取により、権利関係が複雑な物件や相続物件もワンストップで引き受けます。仲介手数料はかからず、訪問査定の提示額がそのまま手取り額になるため、控除後の手取りを見据えた計画が立てやすくなります。

売却をお考えなら、まずはお気軽にご相談ください。あなたの不動産を価値ある未来へつなぐお手伝いをいたします。